Третий зал музея рассказывает о трагедии Холокоста в Латвии. С помощью документов, фото- и видеосвидетельств рассказывается об убийстве более 70 тысяч латвийских евреев в течение нескольких месяцев, а также о судьбах депортированных в Латвию немецких, австрийских, чешских и венгерских евреев. Специальный раздел посвящён подвигам спасителей евреев.
В 1941 году нацистская Германия напала на Советский Союз и полностью оккупировала территорию Латвии. Уже первые дни оккупации нацистов обозначились дискриминацией и насилием в отношении евреев, погромом синагог, а в июле и августе 1941 года произошли массовые акции по уничтожению евреев по всей Латвии, которые полностью «очистили» от евреев провинции Латвии за исключением трех крупнейших городов, где в 1941–1943 годах было гетто.
Большинство евреев этих городов также ждала ужасная участь – они были убиты во многих больших «акциях» – в Погулянском лесу под Даугавпилсом, в Дюнах Шкеде под Лиепаей и в Румбульском лесу под Ригой.
После уничтожения почти всех евреев Рига стала местом заключения тысячей евреев, депортированных из Германии, Австрии и Чехословакии, большая часть которых в 1942–1943 годах была уничтожена в Бикерниекском лесу. Те евреи, которых нацисты планировали использовать на принудительных работах, в 1943–1944 годах были заключены в концентрационные лагеря, наибольшим из которых был «Рига-Кайзервальд» со многими филиалами, в том числе системой лагерей в Северной Курляндии.
Несмотря на тяжелые обстоятельства существования в заключении, латвийские евреи пытались противостоять уничтожению как побегами, так и организуя подпольные группы и тайно добывая себе оружие и другие запасы.
В целом на территории Латвии удалось спрятаться и пережить Холокост только примерно 400 евреям, в большой мере благодаря благородным действиям сограждан, которые, рискуя своей жизнью, спасли евреев от практически неминуемой гибели.
